9 avqust 1960 - cı ildə Həştərxan vilayətinin Vladimir rayonunda hərbçi ailəsində anadan olub. 1964 -cü ildə ailəsi ilə birlikdə Bakıya köçmüşdür. 1977-ci ildə Yasamal rayonunda 167 saylı məktəbi bitirən Çingiz Azərbaycan Tibb İnsitutuna daxil olur. 1983-cü ildə təhsilini başa vurur və təyinatla Dəvəçi rayonunda üç il həkim işləyir. Çingiz həkim olmasına baxmayaraq jurnalistikaya böyük həvəs göstərirdi. 1990-cı il 20 yanvar hadisələri zamanı bu fikir özünü bir daha göstərdi Sovet ordusunun Bakıda törətdiyi vəhşilikləri Çingiz lentə almış, öz yaşadığı həyəcanın ağırlığını hər kəsə nümayiş etdirməyə nail olmuşdur. 1991-ci ildən həyatını jurnalistikaya tam bağlayan Ç. Mustafayev, Xocalı faciəsini öz kamerası ilə lentə almağa nail olmuşdur. 1992-ci il 13 iyunda Çingiz son dəfə Bakıdan döyüş bölgəsinə yollanır. Döyüşü lentə alarkən cəsur jurnalist qəhrəmancasına həlak olur.
Ailəli idi. Bir oğlu yadigar qalıb.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 6 noyabr 1992-ci il tarixli 294 saylı Fərmanı ilə Mustafayev Çingiz Fuad oğluna ölümündən sonra "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" fəxri adı verilmişdir.
Bakı şəhərinin Şəhidlər Xiyabanında dəfn edilmişdir.
DİN-nin Şüvəlan qəsəbəsindəki istirahət güşəsi, Bakı şəhərində küçə, ANS ÇM radiostansiyası onun adını daşıyır.
Yaşadığı binanın önündə barelyefi vurulmuş, C. Naxçıvanski adına Hərbi Liseydə yaradılmış xatirə kompleksində büstü qoyulmuşdur.