Şəki Azərbaycanın ən qədim şəhərlərindən biridir. Orta əsrlərə aid mənbələrdə onun adı Şaki, Şəka, Şakki və s. kimi adlandırılmışdır. 18-ci əsrin ortalarında Şəki şəhərinin yaxınlığındakı Nuxa şəhəri Şəki xanlığının mərkəzi olduqdan sonra köhnə Şəki şəhəri tarix səhnəsindən silinib getdi.

Qədim müəlliflərdən Ptolomey, Alban şəhərləri içərisində "Niqa" adlı yaşayış məntəqəsinin olduğunu qeyd edib. Abbasqulu Bakıxanovun yazdığına görə Nuxa şəhəri yerinin vəziyyətinə görə həmin Naxiya və Naciya şəhəridir ki, qədim tarixlərdə Şirvan şəhərlərindən sayilirdi. A. Y. Krimski Niqanın sonrakı Nuxa olması mülahizəsinə şərik çıxır. Lakin XIX əsrin başlanğıcında həmin mülahizənin əlehdarları da var idi. Akademik V. Dorn belə hesab edirdi ki, Niqa İberiya ilə Alazan arasında olan sahədə yerləşirdi və onu Nuxa ilə eyniləşdirmək olmaz. "Nuxa" sözünün antik dövürdən bəlli olan Niqa məskəni ilə bağlılığı hələ mübahisəli bir məsələdir. Mülahizələr var ki, "Şəki" adı eramızdan əvvəl VII əsrdə Qara dənizin şimal sahillərində Dərbənd keçidi vasitəsilə Cənubi Qafqaza, oradan da Kiçik Asiyaya hərəkət edən sak tayfalarının adı ilə bağlıdır. Onlar Cənubi Qafqazda ən yaxşı torpaqları tutaraq bu yerlərə Sakasena adını verdilər. Sakların məskunlaşdığı ərazilərdən biri də Şəki idi.

Hal-hazırkı şəhərin sahib olduğu mənzərəli görünüşü, relyef müxtəlifliyi şəhərin tikinliş və quruluş sisteminə öz təsirini göstərmişdir. Şəhərin sol və sağ hissələri arasında 450 m məsafə vardır. 18 ci əsrdə qurulmuş şəhər 19 cu əsrin ortalarına qədər qorunub saxlanmış, strukturunda heç bir dəyişikliklər edilməmişdir. Şəki yaşıllığa bürünmüş evlərlə əhatə olunub. Əslində isə Şəki şəhəri təbiətin bir hissəsi olub, burda yaradılan arxitektura əsərləri ilə bəzədilib. Bu yalnız möhtəşəm dağ mənzərəsiylə sərhədlənməyib, həm də təbiətlə uyğunluq təşkil edən planlaşdırmaya əsaslanır. Bundan əlavə hər bir ev öz bağı və dəmir hasarı ilə əhatələnmişdir. Şəki küçələri evlərin uyğun düzülüşüylə deyil əksinə özünə xas planlaşdırmaya əsasən qurulmuş və evləri bir bnirdən çəpər və hasarlar ayırır. Sakinlər feodal dövrünə xas, rayonlarda fəaliyyət göstərən ticarət obyektlərinə əsasən yerləşmiş, bu isə öz növbəsində Şəkinin planlaşdırılmasında öz əksini tapmışdı. O dövrdən qalma məhəllə, küçə adları indiyə qədər qorunub saxlanmaqdadır. Şəkinin planlaşdırılmasına təsir göstərən əsas amil isə ölkənin sahib olduğu relyef pozuntusu idi. Küçələrin istiqaməti Böyük Qafqaz silsilə dağlarının ətəyinə nisbətən istiqamətləndirilmiş və qurulmuşdu. Küçələrin bir çoxu şimaldakı yüksəkliyin relyefinə paralel olaraq düzəldilmişdi. Mərkəzi rayonun və əsas küçənin formalaşdırılmasında Gürcənçay və Dəyirman-arxı çaylarının istiqaməti nəzərə alınmışdır. Bu və şəhərin planlaşdırılmasına aid digər xüsusiyyətlər 1862 ci həyata keçirilmiş planın tərkibində görmək olar. Bu plana əsasən Şəki aşağıdakı kvartal və məhəllələrə bölünmüşdü: Çaqqal dərəsi, Giləli, Dəmirçi bulağı, Gəncəli, Sarı torpaq, Otaq eşiyi, Ağvanlar, Duluzlar, Dodu, Bağbanlar, Sərkarlar, Dabaqxana, Təzə kənd, Köhnə kənd.

Relyefin çox dağınıq olması burda süni suvarma kanalları sisteminin inkişafını əngəlləmişdir. İçməli su çaylardan götürülür. Şəkini içməli suyla Kiş çayı və Xıncalı-Baxlınnskiy hövzələri təmin edir. Təpəli və dağınıq relyefə sahib olan Şəki, şəhərin bir neçə ayrı hissəyə bölünməsinə və nəticə etibarıyla gözəl bir təbii mənzərənin yaranmasıyla nəticələnmişdir. Şəhərin sahib olduğu dağ mənzərəsi onu daha da cazibədar edir.