Fərhad Paşa Sultan III Muradın əmri ilə Səfəvilərin əlində qalan Gəncə üzərinə gedir. Gəncə 1 sentyabr 1588/9 şəvval 996 tarixində alınır. Gəncə alındıqdan sonra Fərhad Paşa qala inşasına başlanmasına əmr verir (3 sentyabr 1588/11 şəvval 996). Qırx günə 3800 Zira (1 Zira=1 Arşın, Təqribən 61 cm.) uzunluğunda, 10 Zira yüksəkliyində və 3 Zira qalınlığında qala inşa olunur. Səlatini Səbuktəkindən qalma xarab bir məscid sürətlə təmir edilmiş və ilk cümə namazı 14 oktyabr 1589/23 zilqadə 997 tarixində bu məsciddə qılınaraq Murad bin Səlim adına ilk xutbə oxunmuştur.
Qalanın tikintisində gil-palçıq, çay daşı və Gəncə memarlığı üçün ənənəvi olan qırmızı kərpicdən istifadə olunub. Qalanın ümumi uzunluğu 13,7 km, hündürlüyü isə 12 m-dir. Qala tikilərkən isə Gəncənin bəzi məhəllələri Qala divarlarından kənarda saxlanılıb.
XVI əsrin sonu, XVII əsrin əvvəllərində Gəncə şəhəri dörd hissədən Bayır şəhər, Şəhristan, İçqala və Narınqaladan ibarət idi. 1871-ci ildə çəkilmiş foto. Müəllif Yemakovdur. Şəklin neqativi Tbilisi Tarix Muzeyində, Yermakovun şəxsi arxivindədir. Fotonun azacıq fərqli bir nüsxəsi isə Bakıda Əlyazmalar İnstitunda saxlanılır. Hər iki yerdə şəklin altında rusca yazılmışdır: «Нуха; Мечеть и банья». Lakin Qala divarlarına bitişik tikilinin üzərində lövhə var və o lövhədə rusca yazılmışdır: «Цейхгауз елиcаветпольского местного батальона (Yelisavetpolun yerli batalionunun silah anbarı)», buna görə də şəkildəki qalanın Gəncə qalası olması ehtimal edilə bilər.)
1868-ci ildə Gəncə Qafqazın quberniya mərkəzinə çevrildikdən sonra şəhərin yeni baş planı tərtib olunur. 1873-cü ildə təsdiq olunmuş baş plana əsasən qala divarları sökülür, yerində Avropa sayağı məhəllələr salınır. Hazırda Gəncə Qalasının çox kiçik hissəsi Şirəlibəy bürcü bugünki nəsillərə yadigar qalmışdır. 2007-ci ilin bu qala divarında bərpa işləri aparılmışdır.