Fatimə H.Q. 11-ci ilin Cəmadiyəlaxır ayının 3-də (M. 27 avqust 632) aldığı zərbədən evində vəfat edir. Vəsiyyətinə əsasən öz yaxınları tərəfindən gecə ikən Mədinədə atası Məhəmmədin məzarı ilə minbəri arasında dəfn olunmuşdur.

Şiə alimləri Fatimənin gecə dəfn edilməsi barədə ittifaq etmişlərdir. Yəqubinin yazdığına görə Fatimə gecə vaxtı dəfn edilib və Salman, Əbu Zər və bir fikrə əsasən də Əmmar Yasirdən başqa kimsə dəfn zamanı orada olmayıb. Şeyx Tusinin "Əmali" adlı kitabında Əlidən nəql etdiyi bir rəvayətə görə əmisi Abbas ibn Əbdülmüttəlib Əliyə Fatimə üçün görkəmli bir dəfn mərasimi keçirilməsini təklif edir, ancaq Əli Fatimənin dəfn işlərinin gizli olmasına dair ona vəsiyyət etdiyini deyir. Əhli-Sünnə alimlərindən İbn Sad da Fatimənin gecə dəfn edildiyinə və onu Əlinin dəfn etdiyinə dair bir rəvayət nəql etməkdədir.Bəlazuri də iki rəvayətdə bunun eynisini yazmışdır. Buxari isə belə yazır: "Həyat yoldaşı gecə vaxtı onu dəfn etdi və Əbu Bəkrin onun dəfnində hazır olmasına icazə vermədi."" Kuleyni isə bu mövzu haqqında belə yazır:

"Fatimə vəfat edəndə Əli onu gizlicə dəfn etdi. Qəbri tanınmasın deyə izləri sildi. Sonra qalxıb Məhəmmədin qəbrinə döndü və dedi ki: "Məndən sənə salam olsun, ya Rəsulullah! Və indi səni ziyarət etməkdə olan, torpağa gedən, məndən ayrılan, sənin tərəfinə keçən, Allahın sənə bir an əvvəl qovuşmasını iradə etdiyi qızından, əziz qızından ayrılmağa görə səbrim azaldı, dünya qadınlarının ağasının ayrılığından dolayı dözümüm zəiflədi. Ancaq bir təsəllim var ki, sənin yoxluğunda sünnətin mənim üçün bir dayaqdır. Mən sənin başını istirahətgahına qoydum (dəfn etdim) və sənin müqəddəs ruhun, mənim boğazımla sinəm arasından bayıra çıxdı. Səni öz əllərimlə torpağa yola saldım. Bəli, Allahın kitabında mənim üçün qəbulların ən gözəli var. Biz Allahdan gəlmişik və ona tərəf qayıdacağıq. Şübhəsiz, əmanət geri alındı, əsir tutuldu, Zəhra əlimdən çıxdı. Ya Peyğəmbər, bu mavi səma nə qədər çirkin və bu yer nə qədər toz dumandır artıq. Kədərim sonsuzdur, gecəm yuxusuzluqla keçir. Kədər həmişə qəlbimdədir. Bu vəziyyət Allahın mənim üçün də sənin olduğun diyarı iradə edəcəyi günə qədər çəkəcəkdir. "Bir kədərim var ki, ürək parçalayan və bir kədərim var ki, heyranedici. Nə tez oldu aramızda ayrılıq! Allaha şikayətlərimi bildirirəm. Qızın sənə ümmətinin necə haqqını qəsb etmə məqamında yarışdıqlarını danışacaqdır. Ondan soruş baş verənləri. Vəziyyəti ondan öyrən. Onun sinəsini yandıran neçə-neçə dərdləri vardı. Amma onları deyəcək, açacaq bir yol tapmadı. Amma indi deyəcək və Allah da hökmünü bildirəcək. Çünki o, hökm verənlərin ən yaxşısıdır. Sizə salam! Vida salamı. Amma nə qəzəbli, nə də sıxıntılı. Çünki əgər buradan geri dönürəmsə, bu çətin vəziyyətdən ötrü deyil və əgər qalsam bu Allahın səbr edənlər üçün nəzərdə tutduğu mükafatdan yana ümidsizliyə düşdüyüm mənasına gəlməz. Vay! Vay! Səbr daha etibarlı və daha gözəldir. Əgər düşmənlərin hücumlarından ehtiyat etməsəydim, burada gözləyər, etiqaf edərdim. Uşağı ölmüş yaslı bir qadın kimi bu müsibətə görə əzadarlıq tutardım. Allahın nəzarəti altında, qızın gizli dəfn edildi. Haqqı tapdalandı, mirasına əl qoyuldu. Halbuki aradan çox vaxt keçmədi və sənin xatirən təzə idi. Ya Peyğəmbər, şikayətimiz Allahadır. Ya Peyğəmbər, ən gözəl təsəlli də səndəndir. Allahın salatı və razılığı sənin və onun üzərinə olsun". "
Bu xütbə Nəhcül-Bəlağədə, Tərcümə: Seyid Cəfər Şəhidi, Xütbə: 202, səh. 337-338 və ayrıca Kafidən daha qısa olaraq zikr edilmişdir. Burada eyni Üsuli-Kafinin Dr. Şəhidi tərəfindən tərcüməsi əsasına görə verilmişdir.