Əslində bütün hadisə beyin sapı deyilən yerdə başlayır. Bədəninizi yuxu rejiminə salır və yuxuya getdiyinizdə bütün əzələ hərəkətlərini dayandırır. Gözlərinizdən başqa hər yeriniz müvəqqəti olaraq iflic halında olur. (Bu yaxşı bir şeydir. Əks halda xülyalarınızı fiziki olaraq canlandırır olardınız.)
 
Bu sırada beyin sapındakı sinir hüceyrələri təsadüfi şəkildə bir-biriylə əlaqəyə keçə bilir. Bəzi mütəxəssislər, bu işarələrin mənalarını tapmağa çalışarkən yuxuların meydana gəldiyinə inanır.
 
Frontal korteks, yəni beynin ön tərəfindəki hərəkət vəzifəsini yerinə gətirən bölüm dayanır. Məntiq və mühakimə olmadan, kosmos və zamanın normal qaydaları etibarlılığını itirmiş olur. Bu səbəblə bir dəqiqə əvvəl heç almadığınız bir dərsin imtahanında tər tökərkən, bir dəqiqə sonra göylərdə uça bilirsiniz.
 
Yuxuların beyindəki iki əhəmiyyətli hissəsi, yaddaşın beşiyi hipokampüs ilə duyğuların qıfıl oyunçusu amigdalayı bir-birinə bağlayır. Yuxunda gerçək hadisələr görmənizə və bunların sizdə qorxu ya da xoşbəxtlik kimi hisslər yaratmasının səbəbi budur.
 
Gözlərinlə görəcəyin bir şey olmamasına baxmayaraq, beynin görüntüləri şərh mərkəzi olan vizual korteksin fəaliyyətini davam etdirir. Bu da bütün hadisələri zehnində görməyini təmin edir. Çox yuxu, REM yuxusu əsnasında görülür. Nadir olaraq da olsa REM yuxusu xaricində gördüyün yuxular da ola bilər amma bunlar adətən bir az daha fərqli olur. Daha adi və "ancaq yuxuda görülər" deyimindən bir az uzaq olur.
 
Gecənin bir ya da iki saatını REM yuxusunda keçirməsinə baxmayaraq, bir çox insan yuxularını xatırlamazlar. Mütəxəssislər tam olaraq səbəbini bilməsə də, başa çıxma mexanizmini işarə edir. Əgər hər şeyi xatırlasaydınız, zehniniz gerçək həyatla yuxuları ayırd etməkdə çətinlik yaşayardı.
 
Əslinə baxsanız araşdırmaçılar, başınızdan keçən hadisələri niyə yuxunuzda gördüyünüz mövzusunda ikiyə ayrılmış vəziyyətdədir. Bu tamamilə təsadüfidir, yoxsa yuxular bəzi duyğuların çıxış yoludur? Yuxu görmək, həyatınızdakı qarışıq duyğu şəbəkələrini həll etmənizə ya da hadisələri şüuraltına qeyd etmənizə kömək edir. Bəlkə də yuxuların daha sadə bir mənası var. Ola bilər ki, oyanma saatınız yaxınlaşdıqca yuxularınız sıxlaşdığına görə, virtual dünyanız sizi gerçək dünyaya hazırlamağa çalışır.