1950-ci illər
Ağdamda futbol komandası (1953-cü il)
Klubun yaranma tarixi 1950-ci illərin əvvəllərinə təsadüf edir. Belə ki, 1951-ci ildə Ağdam şəhər stadionunun tikintisi başa çatdıqdan sonra klubun da peşəkar bir idman təşkilatı kimi formalaşdırılması sahəsində ciddi işlər görüldü.

1960-cı illər
Yarandığı gündən sonra bir müddət "Məhsul" adı ilə çıxış edən "Qarabağ" ilk dəfə 1966-cı ildə Azərbaycan SSR çempionatında iştirak etmişdir. Həmin il çempionatı 4-cü yerdə başa vuran "Qarabağ" 4 il ardıcıl olaraq ölkə birinciliyində mübarizə apardı. Bu illər ərzində ən yaxşı nəticəni 1968-ci ildə 2-ci yeri tutmaqla qazandı. Lakin 1968-ci ildən sonra baxımsızlıq üzündən Ağdam uzun müddət ölkə çempionatlarında təmsil olunmadı.

1970-1980-ci illər
1977-ci ildə "Qarabağ" yenidən "Şəfəq" adı ilə bərpa edildi. Elə həmin il "Şəfəq" Azərbaycan SSR çempionatının 2-ci dəstəsində yarışdı. "Şəfəq" 1982-ci ilə qədər Ağdam futbolunun yeganə təmsilçisi oldu. 1982-ci ildən 1987-ci ilə qədər isə klub "Kooperator" adı ilə yarışlara qatıldı. "Qarabağ" ilk dəfə Azərbaycan SSR çempionu adına 1988-ci ildə – Azərbaycan keçmiş SSRİ-nin tərkibində olarkən layiq görüldü. Həmin çempionluqdan sonra "Qarabağ" SSRİ çempionatının 2-ci dəstəsinə vəsiqə qazandı. 1989-cu ildə "Qarabağ" SSRİ çempionatının 9-cu zonasında yarışdı. 1990-cı ildə SSRİ çempionatının 2-ci dəstəsinin zona yarışlarında dəyişiklik edildiyindən "Qarabağ" Azərbaycan SSR çempionatının zona yarışlarında iştirak etmək məcburiyyətində qaldı.