1990-cı illərin əvvəlləri
1991-ci ildə SSRİ dağılandan sonra Azərbaycan Respublikasının müstəqil futbol çempionatı təşkil olundu. "Qarabağ" Azərbaycan çempionatının bütün mövsümlərində iştirak edən 2 komandadan biridir(Neftçi PFK ilə yanaşı). Təbii ki, müstəqillik illərində "Qarabağ"ın ağır günləri də az olmayıb. Azərbaycan tarixinin ən qara günlərdən biri olan Ağdam şəhərinin işğalı günü (23 iyul 1993-cü il) "Qarabağ" komandasının tarixində də ən qara gündür – həmin tarixdən etibarən komanda "qaçqın klub" kimi fəaliyyət göstərir.

Qeyd edək ki, 1992-1993-cü illərdə rəqiblərini Ağdamda qəbul edən "Qarabağ" burada 28 oyun keçirib. "Qarabağ" Ağdamda keçirdiyi son 22 matçda qalib gəlib. Əyalət təmsilçisinin evdə son məğlubiyyətindən isə daha uzun 27 oyunluq seriya keçir. Maraqlıdır ki, "Qarabağ"ın Ağdamda uduzduğu yeganə oyun onların müstəqilik tarixindəki ilk qarşılaşması olub. Və məğlubiyyətlə başlayan tarix qələbə seriyası ilə davam edib

"İmarət"də...
... son oyun — "Qarabağ" – Turan Tovuz 1:0 (Azərbaycan kubokunun yarımfinalı, 12.05.1993)
... son qol — Yaşar Hüseynov ("Qarabağ" – Turan Tovuz 1:0, Azərbaycan kubokunun yarımfinalı, 12.05.1993)
... son fiti çalan hakim — Rüstəm Rəhimov ("Qarabağ" – Turan Tovuz 1:0, Azərbaycan kubokunun yarımfinalı, 12.05.1993)
... son sarı vərəqə — Vəli Hüseynov (Qarabağ – Turan Tovuz 1:0, Azərbaycan kubokunun yarımfinalı, 12.05.1993)
... son çempionat oyunu — "Qarabağ" – Xəzər Sumqayıt 1:0 (09.05.1993)
... son qırmızı vərəqə — Aqil Məmmədov (Qarabağ – Xəzər Sumqayıt 1:0, 09.05.1993)
... son penalti — Mehman Alışanov (Qarabağ – Xəzər Sumqayıt 1:0, 09.05.1993)
... qonaqların son qolu — Samir Ələkbərov (Qarabağ – Neftçi Bakı 2:1, Azərbaycan kubokunun ¼ finalı, 28.04.1993)
... son heç-heçə — Qarabağ – Kəpəz 0:0 (24.06.1992)
... son məğlubiyyət — Qarabağ – İnşaatçı Sabirabad 1:2

1990-cı illərin sonları
XX əsrin son illərində klub maddi sıxıntılardan ciddi əziyyət çəkirdi. Məhz bu səbəbdən 1998-2001-ci illərdə ölkə çempionatının güclülər dəstəsində zəif nəticə göstərdi. Üstəlik maddi vəziyyət klubun aparıcı futbolçularının da "Qarabağ"ı tərk etməsinə gətirib çıxartdı.

Bütün bunlara baxmayaraq belə bir çətin dövrdə "Qarabağ" Avrokuboklarda mübarizə aparmışdır. Azərbaycan klublarından ilk dəfə mərhələ adlayan "Qarabağ"ın uğuru da məhz bu dövrə təsadüf edir. İsrailin Makkabi Hayfa klubu ilə baş tutmuş oyunların nəticəsində klub qələbə qazanaraq mərhələ adlamışdır. Azərbaycan futbolunun tarixində ilk dəfə olaraq Azərbaycana "böyük beşlik" təmsilçisi gəlmişdir. Bu Fransanın Monpelye klubu idi.