Avtoimmun hepatitlərin səbəbi məlum deyil. Bədənimizdə olan immun sistem bizi yad cisimlərin (bakteriya, virus, toksinlər və s.) zədələyici təsirindən qoruyur. Avtoimmun xəstəliklərdə qəribə bir hadisə baş verir. Bu zaman immun sistemimiz "yad cisimlərə” deyil, bədənin bu və ya digər üzvünə qarşı (onu "yad element” kimi qəbul edərək) hücum təşkil edir. Məhz qaraciyər də belə bir hücuma məruz qalır və onda iltihabi proses inkişaf edir.
Orqanizmin immun sisteminə ağ qan hüceyrələri (limfositlər) və anticismlər (xüsusi proteinlər) aid edilir. Ağ qan hüceyrələri və anticismlər yad və ya "yad hesab ediləncisim”lərə hücüm edib onları zərərsizləşdirir. Avtoimmun hepatitlər zamanı "yad hesab edilən cisim” rolunda qaraciyər hüceyrələri (hepatositlər) olur. Bir çox digər avtoimmun xəstəliklərdə zədələyici faktor kimi anticismlər iştirak etsələr də, hepatitlərdə ağ qan hüceyrələri bu rolu yerinə yetirir. Lifositlər qaraciyər hüceyrələrinə (hepatositlərə) hücüm edir ki, bu da qaraciyərdə zədələnmə və iltihab yaradır.
Ümumiyyətlə, avtoiimun xəstəliklərin, eləcə də avtoimmun hepatitlərin yaranma səbəbləri məlum deyil. Amma bəzi faktorlar müəyyən edilmişdir ki, onlar avtoimmun prosesin başlaması üçün təhrikedici rol oynayır. Bunlara viruslar, kimyəvi maddələr və s aid edilə bilər. Tədqiqatçılar avtoimmun xəstəliklərin yaranmasına meyillilik yaradan genetik faktorların da mövcud olmasını müəyyən etmişlər.