Cinsi disfunksiyaların müalicəsi xəstəliyin səbəbinə görə dəyişir. Məsələn disparoniya (ağrılı cinsel ilişki) menapauzada olan bir qadında vaginal quruluq səbəbi ilə görülebilən bu simptom zamanla cinsi fəallıq zamanı həzz almağı azaldacağından hipoaktif cinsi istək pozğunluğuna yol aça bilər. Disparoniyada vaginal estrogen müalicəsi və ya vaginal lubrikan istifadə edilməsində həm ağrının azalması, həm də istəyin artması müşahidə edilmişdir.
Seksual disfunksiyasının araşdırılması zamanı diaqnozu qoyulan ginekoloji problemlər, tibbi və ya cərrahi yolla müalicə edilir. Cinsel funksiyaya təsir edən bir dərmanın yerinə yenisinin təyin edilməsi və ya istifadə edilməməsi simptomları düzəldə bilər. Bütün antidepressantlar adətən azalmış cinsi istək ve/veya orgasm disfunksiyasına yol açdığının məlum olmasına baxmayaraq "trazodone” və "buproprion” kimi antidepressantlar cinsi istəyi nəinki azaldıb hətta gücləndirə bilər.
Ginekoloji praktikada ən çox gördüyümüz və müalicə etdiyimiz cinsi disfunksiya disparoniyadır (ağrılı cinsel ilişkidir). Disparoniyada səbəb ola biləcək tez-tez görülən ginekoloji pozğunluqlar endometriozis, kiçik çanaqda yapışıqlıqlar və ya iltihabi xəstəliklər, yumurtalıq kisti və vajinittir. Bu pozuntuların tibbi və ya cərrahi müalicəsi disparoniyanı azaldacaq və ya tamamiylə yox edecək.
Ginekoloji praktikada tez-tez rast gəlinən digər bir cinsi ağrı pozğunluğu olan vaginizmus, vaginal və kiçik çanaq əzələlərinin cinsi əlaqə zamanı güclü istəksiz yığılmasıdır. Müalicəsi kiçik çanaq əzələlərinin yığılması və relaksasiyası və vaginal genişləndirmədən ibarətdir. Vaginal genəltmə, xəstənin əvvəlcə barmağını uşaqlıq yoluna qoyması və sonra vaginal genişləndiricilərin istifadə edilməsi ilə aparılır.