Mənbələrin veriyi məlumata görə, vaxtilə indiki Şəki şəhərindən 10-15 km cənubda olmuş köhnə Şəki şəhərini Sasani hökmdarı I Qubad (488—531) tikdirmişdir. Sonradan Şəki Qafqaz Albaniyasının ən iri şəhərlərindən birinə çevrildi. Şərq kilsələrinin anası hesab olunan qədim Kiş Alban məbədi də məhz Şəki şəhəri yaxınlığında yerləşmişdi. Ərəb istilası ərəfəsində Qafqaz Albaniyasının 11 inzibati vilayətindən biri Şəki əyaləti idi. Ərəb işğalları nəticəsində Şəki əyaləti III əmirliyin tərkibinə daxil edildi. Xilafətin zəiflədiyi bir dövrdə Şəkidə müstəqil knyazlıq yarandı. XV əsrin I yarısında Hülakilər dövləti iflasa uğradıqdan sonra Şirvanşahlar dövləti ilə yanaşı Şəki də müstəqillik qazandı və Orlat sülaləsi hakimiyyətə gəldi. 1951-ci ildə şah Təhmasib Şəkinin müstəqilliyinə son qoydu. Şəki Səfəvilər dövlətinə birləşdirildi. 1747-ci ildə yaranmış Şəki Xanlığı Azərbaycan xanlıqları içərisində ən güclü feodal dövləti idi. 1805-ci il Kürəkçay müqavıləsinə əsasən Şəki xanlığı Rusiyadan vassal asılılığına düşdü. 1813-cü il Gülüstan sülh müqaviləsi ilə İran - başqa sözlə Qacariyyə dövləti, Şəki xanlığı ərazisinin Rusiya imperiyasına birləşdirilməsini rəsmən tanıdı. 1819-cu ildə Şəkidə xan üsul-idarəsi ləğv olundu. Xanlığın əvəzinə Şəki əyaləti yaradıldı. 1840-cı ildə Kaspi vilayətinin tərkibində Şəki qəzası yaradıldı. Qəza 1846-cı ildən Şamaxı quberniyasının tərkibinə daxil oldu və Nuxa qəzası adlandırıldı.

Ruslar Şəki xanlığını 1819-cu ildə ləğv etdikdən 5 il sonra - 1824-cü ildə, onun keçmiş ərazisində, yəni Şəki əyalətində, əhalinin ilk siyahıyaalınmasını keçirdilər. Həmin siyahıyaalma nəticələrinə əsasən o vaxt Qışlaq və Çapağan kəndləri də inzibati cəhətdən Nuxa şəhərinin tərkibində idi və bu kəndlərlə birlikdə Nuxa şəhərinin əhalisi 13 min 351 nəfər idi.

Kaptalizmin inkişafı dövründə şəhər inzibati cəhətdən məhəllələrə bölünürdü.

1920-ci il may ayının 5-də Şəkidə sovet hakimiyyəti quruldu. 1930-cu ildə Azərbaycan SSR-nin inzibati ərazi bölgüsündə dəyişiklik edildi və Nuxa rayonu təşkil edildi. 1963-cü il yanvar ayının 4-də Nuxa rayonu ləğv edilərək ərazisi Vartaşen (indiki Oğuz) rayonuna verildi, respublika tabeçiliyində Nuxa şəhəri yaradıldı. 1965-ci ildən yenidən müstəqil Nuxa rayonu təşkil edildi. 1968-ci ildən ərazi Şəki şəhəri adlanmağa başladı.